El edificio fue construido en los años 1878-1880 como parte de las primeras líneas del ferrocarril en el centro de México y en todo el país.Corría en ese entonces desde Celaya a León con un ramal a la ciudad de Guanajuato.
Pocos años después se incorporó la línea que venía desde la Ciudad de México a su paso por Querétaro, para llegar al final hasta Ciudad Juárez, Chihuahua.
Por el edificio de la antigua estación del tren en Celaya pasaron personajes históricos de Mexico como Francisco I. Madero en 1911.
En 1915 el general Álvaro Obregón desembarcó en este sitio junto con sus tropas del ejército constitucionalista para enfrentarse a Francisco Villa en lo que serían las decisivas “Batallas de Celaya” que marcaron el rumbo de la Revolución Mexicana.
En mayo del 2020 sufrió daños en una maniobra por el ferrocarril al sufrir un descarrilamiento.
Aún se conservan algunos aparatos y mecanismos antiguos dentro de la misma.
